En aval de Rouen, la basse Seine est aussi le lieu d'un important trafic maritime. Les bateaux remontent jusqu'à Rouen, où se font les derniers transbordements entre la navigation fluviale et la navigation maritime. En 2006, un port pour navires porte-conteneurs a été ouvert.

Cet estuaire, largement ouvert sur la Manche et fréquemment brumeux, rend la navigation parfois dangereuse. Depuis 2000 ans, les pilotes de Seine guident les navires, de plus en plus gros, entre Rouen et la mer. La Seine ouvre une voie fluviale sur l'une des mers les plus fréquentées du globe et à proximité de la région parisienne. Cela a permis un grand développement industriel entre Rouen et Le Havre, d’abord autour de Rouen, à partir d'un travail traditionnel du textile et des industries chimiques. La métallurgie (constructions navales, hauts-fourneaux, transformation des métaux) et la pétrochimie sont venues ensuite.